El 14 de septiembre de 1941, se crea el HOSPITAL NUESTRA SEÑORA DE LAS MERCEDES DE PAITA, en respuesta al problema de la salud que aquejaba a la provincia y al no contar con un hospital perteneciente al Ministerio de salud, con la cual se fortalecería la respuesta sanitaria de apoyo a las fuerzas armadas que en ese año se encontraban en conflicto militar con el Ecuador de esta manera funciono durante 71 años. En 1987 se llevó a cabo la integración del Hospital Nuestra Señora de las Mercedes de Paita, al Instituto Peruano de Seguridad Social IPSS a partir de ese año solo se prestaba servicio en Paita en el Hospital Integrado MINSA-IPSS, que funciono en la infraestructura del Instituto Peruano de Seguridad Social, con esta integración se generó capacidad ociosa significativa y se generó conflictos de competencias funcionales de cobertura respecto a la población asegurada y no asegurada en relación al financiamiento. En 1988 se reinicia la prestación de los servicios de salud, pero en el nivel básico de salud como CENTRO DE SALUD MATERNO INFANTIL NUESTRA SEÑORA DE LAS MERCEDES-PAITA, nivel al cual perteneció hasta el 24 de mayo de 1999. El 25 de mayo de 1,999 mediante Resolución Ministerial N°. 253-99-SA/DM se re categoriza al Centro Materno Infantil Nuestra Señora de las Mercedes de Paita, de la Dirección Sub Regional de Salud Luciano Castillo Colonna a la Categoría de Hospital de Apoyo Local Nuestra Señora de las Mercedes de Paita, siendo un establecimiento encargado de prestar servicios de salud en el nivel especializado de atención recuperativa, rehabilitación, prevención y promoción. En el año 2003 se crea la Unidad Ejecutora N°. 405 de Salud II-1 NUESTRA SEÑORA DE LAS MERCEDES DE PAITA. Inicialmente para la creación de la Unidad Ejecutora se logró la asignación presupuestaria para 53 plazas orgánicas. En el año 2012 se inicia la construcción del nuevo local del establecimiento de salud II-1 Hospital Nuestra Señora de las Mercedes de Paita por un monto de S/. 53’622.850.00 nuevos soles. El nuevo local tiene una capacidad para 16 consultorios externos. Físicos y multifuncionales, con especialidad médica quirúrgica básica para la categoría II-1 y en quinto nivel de complejidad, cada consultorio cuenta con áreas adicionales para procedimientos para procedimientos, así mismo se considera implementar 87 camas de Hospitalización en las ramas médicas y quirúrgicas, las intervenciones quirúrgicas se desarrollaran en dos (02) salas de operaciones, de las cuales 01 de ellas es para emergencias y la otra para pacientes programadas, se implementara el Servicio de Emergencia debidamente normada, además se consideraran los servicios de centro quirúrgico.